在我国，有关重新鉴定的相关规定散见于刑事诉讼法和相关司法解释、部委规章中。不过，现有规定仅明确了哪些机关有权启动重新鉴定程序，即公安机关、检察机关和法院均有权启动重新鉴定程序，至于重新鉴定程序启动后的诉讼程序该如何进行，规定并不完善，仅在《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》（下称《解释》）第156条作出规定，法庭审理过程中启动重新鉴定程序，案件需延期审理。如此一来，在侦查、审查逮捕、审查起诉等诉讼阶段，重新鉴定程序启动后，司法机关对案件程序的处理将面临一系列难题：

　　第一，诉讼程序不明确，往往使司法机关陷于两难选择。除司法精神病鉴定和《解释》第156条规定情形不计入案件审理期限外，对于其他情形的重新鉴定期间是否计入审理期限，法律没有明确规定。实践中存在两种不同的做法：一是当事人申请重新鉴定，获得批准后，案件中止审理。因为，新鉴定意见有可能影响案件的定性，如果按照原有的鉴定意见处理案件有可能导致处理结果不当。二是重新鉴定期间，不影响案件的继续审理，办案机关按照原有的鉴定意见作出相应的处理。鉴定机构重新作出鉴定意见后，视情况对之前的办案结果作出相应变更。

　　笔者认为，第二种做法存在一定“风险”，如审查起诉期间，犯罪嫌疑人对轻伤鉴定意见有异议，申请重新鉴定。如果检察机关按照原来轻伤的鉴定意见将案件起诉到法院，一旦重新鉴定意见为轻微伤，则预示着被告人的行为不构成犯罪，法院最终将作出无罪判决。因此，有的办案机关为了降低此类“风险”，往往会选择第一种做法。这样做的结果是，在办案期限较短的情况下，不得不改变强制措施。如重新鉴定后，仍需要追究犯罪嫌疑人刑事责任的，因为之前改变强制措施，则有可能导致犯罪嫌疑人潜逃，造成案件久拖不决。

　　第二，申请人申请重新鉴定的目的不同，可能导致诉讼程序不公正。我国现行法律、法规和司法解释对当事人申请重新鉴定不要求附任何理由，在此情况下，有些案件因鉴定意见确实存在瑕疵需要重新鉴定，也有的案件当事人为了阻却诉讼进程申请重新鉴定。司法实践中，办案机关为了避免当事人因申请重新鉴定未被批准而对办案结果不满意，进而申诉，往往会批准当事人的重新鉴定申请。如果当事人是出于阻却案件进程而提出重新鉴定申请，其获得批准，对于案件的相对方而言，显然是不公平的。

　　笔者建议，刑事诉讼法应对申请重新鉴定的条件作出明确、具体的限定。办案机关在收到当事人重新鉴定申请后，应当对原鉴定意见的合法性进行审查，如原鉴定意见确实存在程序不合法，鉴定意见与现有事实、证据不相符，重新鉴定意见有可能与原鉴定意见不一致等情形，则应当批准重新鉴定的申请。除此之外，则应不予批准，并向申请人说明不批准理由。

　　第三，重新鉴定无次数限制，导致同一问题反复鉴定。我国刑事诉讼法没有对重新鉴定的次数作出明确规定，司法实践中往往出现案件双方当事人就同一事项多次申请重新鉴定且获批的现象。而且，我国司法鉴定机构之间不存在隶属关系，不同鉴定机构所作出的鉴定意见具有相同的法律效力。这样，面对多个鉴定意见，如何采信便成了摆在司法机关面前的现实难题，使原本简单的问题复杂化。无限制的重新鉴定有损司法鉴定的客观性、科学性和权威性。笔者建议，在刑事诉讼法中明确规定“鉴定次数一般以二次为宜”，以此避免案件因为无休止的重新鉴定而久拖不决。